La guerra civil de 36 años en Guatemala que finalizó en 1996, causó que miles de refugiados políticos huyeran a países vecinos, especialmente a los Estados Unidos y Canadá. La Comisión para el Esclarecimiento Histórico (CEH) llegó a la conclusión que 200,000 personas fueron asesinadas o desaparecidas, y que de 1981 a 1983, hasta 1,5 millones de personas fueron desplazadas internamente o tuvieron que huir del país, incluidos unas 150,000 personas que buscaron refugio en México. Los Acuerdos de Paz de Guatemala en 1996 marcaron el fin de las hostilidades abiertas, pero no disminuyeron las tensiones sociales, la violencia política, la desigualdad cruda, y graves dificultades económicas, que alimentan las presiones de emigración.

Debido a su ubicación geográfica, Guatemala es el país más afectado por la migración irregular debido a que los centroamericanos que regresan de Mexico tienen que atravesar Guatemala; y estos flujos van en aumento. En el año 2000, regresaron de México 148,000 centroamericanos; en el 2006 este número aumentó a 174,000. En los primeros cinco meses de 2007 un total de 22,000 centroamericanos habían regresado de Mexico. Así, el total de repatriados desde el año 2000 al 2007 asciende a 1,180,829 personas. De este total 553,275 son guatemaltecos o sea, el 47 por ciento y el otro 53 por ciento son hondureños, salvadoreños y nicaraguenses.

La repatriación de los ciudadanos guatemaltecos por vía aérea desde los Estados Unidos de América también ha aumentado. En el 2004 un total de 7,029 personas fueron repatriados por vía aérea, incluidos 200 niños. En 2006 el número aumentó a 18,305 incluidos 1,000 niños. A finales del 2007 el número de personas repatriadas por vía aérea era de 23,055 y más recientemente en el 2008 ascendió a un total de 28,051 personas repatriadas.